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それでは独断と偏見で選ぶBestインテグレーションです。
それでは、かなり独断と偏見に満ちていますが、SoftFarmが選ぶBestインテグレーションです。
安いのは勿論ですが、実用的に有益なものを中心に選んでみました。
このあたりは人によって好みが出る部分がありますが、ご容赦願います。
スキャナ部門(ドキュメントスキャナ)の第一位 DR−2510(キャノン)
第一位
DR−2510

次点
■DR2510C
このHPでは長らくScanSnapがを王座として推奨してきましたがここに来てキャノンから強烈なライバルが登場しました。さすがに2倍に近いの性能差ですから、ここは客観性でDR−2510に軍配をあげました。自動化もかなりのレベルに達していますのでScanSnapにひけをとらなくなっています。
直納☆などの連携などソフトウェアの使いやすさに関してはまだScanSnapに一日の長はありますが、それも直納☆側がフォルダオプションをつけたことで解消されています。価格もSOHOでも手の届く範囲に抑えられています。
またPaperPortが標準でついているのもありがたいところです。
性能的には早いのは好ましいのですが、ソフトの使いやすさもあるのでScanSnapを次点とさせていただきました。
・両面1度に読めて高速!!
・小型で場所をとらない(案外大事です。)
・ボタン1つという操作の簡単さ
これらはScanSnapのコンセプトでしたが、それを継承してPowerUpされた印象です。
■おまけ(?)
AcrobatStandard(¥35K相当)もついています。
【向かない人?】

あまりカット紙を使わない人には向いていません。ついでに、使用頻度が極めて低い人にはもったいないかも。
またTWAINスキャナですので、アプリも比較的自由です。
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スキャナ部門(フラットベッドスキャナ)の第一位

該当なし
迷ったのですが、キャノンのものは確かに高速だと思います。しかし、なにせ大きいです。元々頻度は小さい部類の商品ですから、無理して購入することはないだろうというのが結論です。
実際のところも複合機(MFP)で事足りるのではないでしょうか?
ファイリングソフト部門の第一位 DocuWorks(富士Xerox)
第一位
DocuWorks6がお勧めです。
■DocuWorks
内部はXdwというオリジナル形式です。従って内部に割り切って使う必要はありますがVer6になってからはPDFへのエクスポートも充実しましたのであまり不自由はありません。
・PDFに比べて軽くてサクサク動く!!
・ページ編集やページ内編集などが充実。「紙」感覚で扱うことができる。
・原ファイルをバインドして管理できる。
・異種文書のたばね・ばらしが簡単にできる。
・ViewerやPlugInが無償で配布されている。
・SDKが無償で配布されており、OLSも出ている。
・直感的に操作することができるし、高度なアノテーションもできる。
・OCRが使える。
・PDFがサムネイルで見える。PDFを作成できる。(DocuWorks6より)
■おまけ(?)
Ver6からは、なんとAcrobatElementsがついています。(PDF−Writer機能のみです。よってScanSnapユーザならAcrobatStandardがついているので不要です。)
さらにJustSystemの検索ソフトExpandFinderがついています。(メール検索機能は残念ながらありません。)検索ソフトは今後は乱立するでしょうけど。
【向かない人?】
ここらは好き嫌いだと思いますが、やはり性質上印刷文書関係が主流になります。よって、ファイル管理を主体としている人や、音声・画像を主体としている人などには不向きだと思います。いくら軽いとは言え、エクスプローラのファイル管理には及びませんから、「これ(ファイル管理)で十分」と考える人には向いていません。DocuWorksは「文書管理」に真価を発揮します。つまりPCの中で「紙」のように扱うことができます。色々なソフトを使ってみましたが、やはり使いやすさではDocuWorksが群を抜いています。
【あると便利】
直納☆DocuWorks
 ScanSanpから直にDocuWorksに登録できますし、高速です。ScanSnapの速度が生きてきます。またフォルダ処理オプションで大抵のPDF生成スキャナが使えるようになりました。
サーチクロス
 上記のようにExpandFinderがついていますが、これはメール検索ができないという検索ソフトとしては半端なものです。特典として同じJustさんのコンセプトサーチを低価格で入手できます。また特にこだわらないのならGoogleDesktopSeachなども使えます。しかし、もしローカルドライブを調べたいのであれば、高速性からしてサーチクロスが最も良いと思います。
即分結
 もしScanSnap(やDR−2510)を持っていない場合は、これがあるだけでもPDFでの「束ね・ばらし」ができて便利です。
お勧めショップ情報 ○コラボレーションDirect:直納☆が付きます
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OCR部門の第一位
該当なし これも迷ったのですが、
・ファイリングソフトに付属している
・それがなくてもスキャナに付属している
ということで、それで十分ではないかと思います。何か特別な事情で本格的なものを志向しない限りは十分な環境が得られるように思います。性能としてあまり期待してはいけませんが、割り切ればそれなりに使えると思います。
ということで
 スキャナはDR−2510またはScanSnapをお勧めします。とにかくこれは簡単で高速です。またAcrobat(Standard)が付いているのも大きなメリットです。
 ファイリングソフトはDocuWorksです。これもお勧めです。無くても済みますが、使うと便利です。ただ管理は二重化される部分がありますがそれを差し引いても、これはとても良いソフトです。またVer6になりPDFの扱いもある程度は備わってきました。
 OCR付の文書がほしい場合...
・PDF:Acrobat7になり内蔵OCRも良くなりました。但し遅いです。キャノンのものは高速です。
・Xdw:DocuWorks内部で作成することができます。またPDFに変換もできます。(位置は反映されませんが)
となります。OCRソフトは特に単独で購入する必要はないと思います。

No1:DR−2510(ドキュメントスキャナ)+DocuWorks6+直納☆(+サーチクロスは好みで)

次点:ScanSnap+DocuWorks6+直納☆(+サーチクロスは好みで)